2007年02月12日，因地铁2号线施工需要，公交总公司29路（省农科院五洲装饰城）线路延伸，起讫站调整为柳营五洲装饰城；139路（省农科院吴家边）缩线行驶，起讫站调整为柳营吴家边。

2010年12月26日，为配合公安交管部门整治中山门拥堵问题，公交总公司29路（柳营五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为杨庄五洲装饰城；51路（太阳城新街口东）调整走向，起讫站调整为太阳城双桥门。

2013年03月30日，江南公交5路（柳营莫愁新寓）调整走向，起讫站调整为南湾营长江路·估衣廊；9路（宁工新寓中山陵停车场）调整走向，起讫站调整为钟灵街宁工新寓；29路（杨庄五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为杨庄莫愁新寓；34路（中山码头石门坎（五洲家居装饰广场））调整走向，起讫站调整为中山码头中山陵停车场并命名为“博爱线”；141路（南湾营南京车站）调整走向，起讫站调整为西花岗南京车站；163路（南湾营长江路）调整走向，起讫站调整为西花岗钟山学院；新辟D9路，起讫站为板桥新城（莲花湖公园）莫愁新寓。

2019年10月27日，为进一步优化公交线网布局，提高公交整体运行效率，在公交企业前期向市民公开征求意见基础上，江南公交29路（杨庄莫愁新寓）缩线行驶，起讫站调整为杨庄长江路·估衣廊；40路（月苑小区洋珠巷）调整走向，起讫站调整为月苑南路建康路·夫子庙；66路（龙江新城市广场长营村）缩线行驶，起讫站调整为龙江新城市广场南京站·南广场西；140路（尧佳路东兰园）缩线行驶，起讫站调整为尧佳路东白马公园；310路（九乡河西路孝陵卫）缩线行驶，起讫站调整为九乡河西路钟山学院。