2021年05月12日，配合花博园试运营及正式开幕，崇明巴士南同专线、堡胜专线全程车、崇明乡村10路延伸至花博园P1停车场；南江专线、南东专线改道行驶。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士恢复多条线路部分区间运营：南东专线恢复南门汽车站东纺厂区间运营；南隆专线恢复南门汽车站长征农场区间运营；南同专线恢复南门汽车站东平商店区间运营；堡胜专线恢复堡镇汽车站长江农场区间运营。

2023年07月20日，配合林风公路道路全封闭翻修施工，崇明巴士南东专线（南门汽车站前卫村）临时缩线行驶，起讫站调整为南门汽车站东风新村；堡胜专线全程车（堡镇汽车站前卫村）临时缩线行驶，起讫站调整为堡镇汽车站东风新村；南风线临时取消建垦村班次。