1961年，市公交公司2路（中山码头烈士陵园）实施汽改电，番号同步调整为电车2路。

1965年，为规范市区公共汽电车线路番号，市公交公司电车1路更名为电车31路，电车2路更名为电车32路，电车12路更名为电车33路。

1981年01月，市公交公司电车32路（南京西站雨花台）实施电改汽，番号同步调整为16路。原有配车改行新辟电车32路，起讫站为南京西站南京车站。

1989年04月01日，南京市公交公司整体改制为南京市公共交通总公司。

1996年02月01日，公交总公司电车32路（南京车站中山码头）实施电改汽，起讫站调整为南京车站农贸中心，番号同步调整为32路。

2006年07月25日，中北巴士11路、66路，公交总公司32路、43路、317路起讫站“龙江小区”更名为龙江新城市广场。

2013年06月01日，为优化人力资源和场站资源，江南公交第一巴士、第三巴士互换经营权，第一巴士75路划归第三巴士运营管理，第三巴士32路划归第一巴士运营管理。

2014年08月08日，江南公交36路、117路、141路、南栖线［同时番号调整为206路］、南上线［同时番号调整为207路］、南汤线［同时番号调整为208路］、817路［同时番号调整为Y17路］起讫站调整至南京站·北广场东；江南公交32路、64路、801路［同时番号调整为Y1路］、扬子公交汉江线区间线［同时番号调整为510路］、136路［同时番号调整为536路］起讫站调整至南京站·北广场西；江南公交117路（南堡公园西公交总公司）调整走向，起讫站调整为南堡公园西南京站·北广场西；游1路（迈皋桥广场中山陵停车场）缩线行驶并更名为201路，起讫站调整为南京站·南广场西中山陵停车场。

2016年07月01日，南京公交集团结束对中北巴士的托管管理，江南公交第一巴士公司旗下线路1路、3路、8路、11路、25路、28路、32路、40路、42路、45路、63路、64路、65路、66路、67路、68路、69路、71路、72路、73路、74路、76路、77路、79路、114路、122路、125路、130路、140路、143路、145路、146路、159路、176路、178路、184路、194路、195路、196路、197路、198路、199路、200路、201路、203路、206路、207路、208路、303路、308路、311路、315路、318路、319路、327路、328路、331路、332路、333路、334路、335路、336路、玉葛线、D5路、Y1路、Y19路、Y23路、B1路接驳线全面以公交集团标准运营管理，继续沿用第一巴士公司名称。

2019年11月01日，南京公交集团第一客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、105路划归第三客运公司运营管理。

2021年05月01日，南京公交集团第三客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、313路、Y11路划归第四客运公司运营管理。

2022年07月09日，为填补红山南路小市段公交线网空白，结合市公交集团在向市民征求意见期间市民所提出可行性的建议，南京公交32路（龙江新城市广场南京站·北广场西）调整走向，起讫站调整为龙江新城市广场南京站·南广场西；555路（天润城总站南京站·南广场西）调整走向，起讫站调整为天润城总站南京站·北广场西。

2024年05月13日，为进一步便利小市村、东井亭等地区市民的日常出行，南京公交32路（龙江新城市广场南京站·南广场西）线路延伸，起讫站调整为龙江新城市广场东井亭【上行】/红山站龙江新城市广场【下行】；66路原“南京站·南广场西”上客站调整至龙蟠路·南京站西。