2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。

2013年07月26日，配合五彩城公交场站启用，方便橡树湾、五彩城购物中心等地区市民出行，第四客运分公司632路、633路、642路首站调整至五彩城公交场站。632路（清河小营桥西五路）延长为五彩城公交场站五路，633路（安宁庄东路南口杨坨）调整为五彩城公交场站杨坨，642路（安宁庄东路南口阳坊北站）调整为五彩城公交场站阳坊北站。

2022年05月12日，按照海淀区疫情防疫工作要求，途经海淀区清河街道及周边划定重点区域的第四客运分公司专29路、专60路、专85路采取暂停运营措施；第一客运分公司专89路、第四客运分公司320路、333路、362路、392路、446路、509路、521路、544路、570路、609路、632路、688路、专128路、夜4路；第八客运分公司902路、963路采取区间运营措施；途经海淀区北太平庄街道重点区域的电车客运分公司专168路采取暂停运营措施；第一客运分公司620路；第三客运分公司69路；第四客运分公司145路、331路、347路、375路、438路采取区间运营措施。

2022年06月08日，按照疫情防控工作要求，前期受海淀区疫情封控影响的第一客运分公司307路、520路、专89路；第四客运分公司333路、355路、374路、375路、392路、393路、398路、446路、570路、575路、632路、688路、693路、专60路、专85路恢复全线运营；第一客运分公司371路恢复区间运营。