2004年，济南长运新辟长清至火车站专线，起讫站为雅居花苑（长清二中）济南火车站，经长清大学城。

2009年09月，济南长运长清至火车站专线更名为济长巴士3路。

2016年06月，济南长运将其管理的K901路、K901路直达、K905路、济长巴士3路转由济南长运巴士公交经营。

2020年12月15日，济南长运巴士济长巴士3路（长清中学济南火车站广场汽车站）线路延伸，起讫站调整为长清归德济南火车站广场汽车站。

2021年11月13日，济南长运巴士791路与济长巴士3路无缝衔接。线路优化调整为归德南马山长清中学，运行至长清中学站点后，继续运行济长巴士3路路线至济南火车站。发车时间归德南马山5：20-16：20，火车站广场7：00-17：10，发车间隔约60分钟。

2022年04月05日，接长清区交通局要求，受疫情影响，好运巴士、济南长运巴士、山东交运所有途经长清区的线路临时停运。

2022年05月10日，济南长运巴士长清717路、792路支线1、792路支线2、792路支线3、792路山贾庄线、K901路、K905路、K908路、K912路、K913路、K925路、K926路、济长巴士3路恢复运行。

2023年02月24日，济南长运巴士将791路、济长巴士3路合并为791路/济长巴士3路，起讫站为金谷教育济南火车站，经G220、孝兴六路、孝城大道、孝里北连接路、长孝路、文昌大道、峰山路、龙泉街、五峰路、清河街、经十西路、大学路、G104、南辛庄西路、营市街、槐村街、经二路、经一路、站前路（北行）、车站街（东行、南行），金谷教育发车时间为4:20-16:20，济南火车站发车时间为6:30-18:30。同时，南马山村摆渡线停止运行。