2005年12月16日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划，涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线（城外诚建材城北京站）变更为25路；120路支线（甘露园前门）变更为126路；320路支线（北京西站西苑）变更为319路；373路支线（衙门口公主坟）变更为436路；374路支线（北京西站颐和园南门）变更为437路；413路支线（南十里居单店）变更为424路；417路支线（鲁疃安定门）变更为426路；406路支线（单店十条豁口）变更为431路；605路支线（公主坟西道口）变更为612路，同时调整为马场公主坟；727路支线（北京西站海䴖落）变更为722路；732路支线（颐和园寿宝庄）变更为712路，同时调整为颐和园团河北村；744路支线（王佐站北京站东街）变更为739路；803路支线（二拔子新村安定门）变更为805路；817路支线（杜家坎宝盛里小区）变更为809路；819路支线（宏福苑小区翡翠城小区）路号变更为839路；846路支线（东潞苑小区定慧桥）变更为855路；901路（阜成路黄村火车站）变更为631路，901路快车（阜成路黄村火车站）变更为631路快车；905路（长丰园南站颐和园南门）变更为635路；908路（北京站东街黎各庄）变更为639路；908路支线（北京站东街半壁店）变更为640路；921路（大峪东湖）变更为645路，同时缩短为大峪民族园路；932路（小红庙金五星百货城）变更为650路；941路（恩济西街北苑家园）变更为653路；946路（城外诚建材城定慧桥）变更为654路；946路支线（八里河卫生院）变更为655路，同时调整为方庄南口鹿圈卫生院；953路（左家庄黎各庄）变更为659路；962路（黄村火车站白石桥）变更为660路；965路（五芳园西站黑石头村）变更为663路，同时调整为苹果园南小马厂。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2015年10月15日，第五客运分公司126路（青年路小区前门）缩短为青年路小区北京站东。

2019年06月15日，第二客运分公司673路（石各庄北京站东）和126路（青年路小区北京站东）合并为126路（石各庄北京站东）；605路（石各庄弘燕公交场站）同步调整为青年路小区弘燕公交场站。

2022年05月04日，按照朝阳区疫情防控工作要求，朝阳区朝阳路以南（不含朝阳路）的第一客运分公司439路；第二客运分公司11路、28路、29路、31路、98路、138路、348路、363路、382路、397路、455路、457路、475路、513路、532路、535路、561路、637路、638路、临6路、夜19路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司93路、352路、378路；第五客运分公司865路、985路、990路、995路；第九客运分公司定制公交003XX、定制公交004XX、定制公交008XX、定制公交014XX、定制公交015XX、定制公交016XX、定制公交017XX、定制公交020XX、定制公交046XX、定制公交047XX、定制公交056XX、定制公交057XX、定制公交060XX、定制公交066XX、定制公交069XX、定制公交070XX、定制公交075XX、定制公交076XX、定制公交079XX、定制公交083XX、定制公交085XX、定制公交096XX、定制公交099XX、定制公交100XX、定制公交101XX、定制公交105XX、定制公交114XX、定制公交129XX、定制公交134XX、定制公交135XX、定制公交166XX、定制公交176XX、定制公交177XX、定制公交182XX、定制公交195XX、定制公交201XX、定制公交202XX、定制公交203XX、定制公交204XX、定制公交210XX、定制公交211XX、定制公交216XX、定制公交272XX、定制公交280XX、定制公交286XX、定制公交322XX、定制公交331XX、定制公交388XX、定制公交398XX、巡游定制公交[小红门]、巡游定制公交[望京]；电车客运分公司36路采取暂停运营措施；第一客运分公司657路；第二客运分公司8路、23路、34路、35路、41路、53路、58路、63路、126路、312路、322路、364路、388路、402路、403路、405路、411路、440路、451路、468路、486路、488路、496路、506路、517路、553路、605路、615路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、671路、690路、夜25路、夜27路、夜29路、专141路；第三客运分公司54路、72路、602路、680路、夜7路、夜23路、专161路、专162路；第四客运分公司1路、52路、57路、夜1路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、818路、846路、975路、976路、986路；第六客运分公司848路；第七客运分公司973路、988路、989路；电车客运分公司25路、71路、113路、128路采取区间运营措施。

2022年05月29日，按照疫情防控工作要求，前期受朝阳区疫情管控影响的途经朝阳区南部（朝阳路以南区域）的第一客运分公司439路、657路；第二客运分公司8路、11路、23路、28路、29路、31路、34路、35路、41路、58路、63路、98路、126路、138路、312路、322路、348路、363路、364路、382路、388路、397路、402路、403路、405路、411路、439路、451路、455路、457路、468路、475路、486路、488路、496路、506路、517路、532路、535路、553路、605路、615路、637路、638路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、690路、临6路、夜19路、夜25路、夜27路、夜29路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专141路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司378路、专19路、680路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、846路、865路、975路、976路、995路、985路；第六客运分公司848路；第七客运分公司988路、989路；电车客运分公司36路、113路恢复全线正常运营。