2004年09月22日，中北巴士新辟78路，起讫站为湖西街水关桥。

2011年05月26日，公交总公司18路、57路、95路，中北巴士42路、77路、78路起讫站“水关桥”，上客站调整至水关桥公交总站，下客站调整至水关桥下客站。

2012年07月31日，南京中北集团巴士分公司委托南京公共交通（集团）有限公司管理运营，委托期4年，更名为南京江南公交客运有限公司第一巴士公司。

2014年01月28日，为优化人力资源和场站资源，江南公交第一巴士、第三巴士互换经营权，第一巴士78路划归第三巴士运营管理，因白鹭花园公交场站已复建完成，具备使用条件，起讫站由“湖西街”延伸至白鹭花园；第三巴士45路划归第一巴士运营管理。

2015年04月30日，江南公交57路、77路、78路原“水关桥公交总站”上客站更名为水关桥总站，原“水关桥下客站”更名为水关桥。

2016年02月01日，江南公交第三巴士78路划归第五巴士运营管理。

2019年11月01日，因南京公交集团整体改制，原江南公交第五巴士公司负责运营的6路、10路、12路、18路、22路、24路、30路、31路、34路、53路、54路、78路、95路、117路、118路、134路、162路、302路、307路、337路、Y2路、Y9路、Y10路、Y15路整建制并入改制后的第一客运公司（原第一巴士公司）运营管理，第五巴士公司不再保留。

2021年05月01日，南京公交集团第一客运公司78路、303路划归第三客运公司运营管理。