2003年12月31日，浦东巴士779路（栖山路御青路）缩线行驶，起讫站调整为其昌栈渡口御青路。

2011年08月25日，浦东杨高779路（御青路御桥路其昌栈渡口）线路延伸，起讫站调整为御青路御桥路陆家嘴。

2014年10月18日，浦东上南82路、314路、795路陆家嘴地铁站终点站调整至陆家嘴西路滨江大道，浦东杨高774路、779路陆家嘴终点站调整至陆家嘴地铁站。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东杨高85路、573路、614路、636路、774路、779路、792路、799路、971路、989路、990路、992路、1002路、1023路、1024路、1054路、1080路、1091路、1110路、1136路、浦东16路、浦东28路、浦东68路、浦东89路、张江1路、周康9路、周康10路恢复运营。

2023年12月21日，浦东杨高分公司线路归属重新划分：原金桥分公司更名为一分公司，原周浦分公司更名为二分公司，原杨高分公司119路、638路、775路、795路、1019路、1029路、1046路、1083路、浦东36路、浦东89路、浦东112路、花木1路、隧道六线划入一分公司运营管理，原杨高分公司779路、792路、969路、976路、1023路、1042路、1051路、1090路、大桥六线划入二分公司运营管理。