2013年01月26日，江南公交816路（公交四公司南京西站）线路延伸，起讫站调整为南京南站南京西站。

2014年07月19日，江南公交816路更名为Y16路。

2022年07月11日，因惠民大道改造工程需要，“南京西站”公交场站临时占用，南京公交10路、39路、Y3路、Y16路、Y18路起讫站调整至江边路总站；16路、21路起讫站调整至中山码头北；539路（泰冯路地铁站惠民桥【上行】/南京西站泰冯路地铁站【下行】）调整走向，起讫站调整为泰冯路地铁站挹江门。