2012年04月01日，公交总公司鼓扬线升级改造为D2路大站快车（同时鼓扬夜间线升级改造为825路大站快车夜间线）；盐葛线升级改造为D3路大站快车（同时盐葛夜间线升级改造为826路大站快车夜间线）；159路升级改造为D4路大站快车；中北浦口浦集线升级改造为D7路大站快车，全部实施无人售票，单一票价3元。

2016年09月28日，为配合长江大桥封闭维修改造，扬子公交D2路/Y25路改由扬子江隧道通行。

2018年12月30日，南京长江大桥恢复通车，扬子公交502路、551路、555路、D2路等线路调整经由南京长江大桥通行，558路恢复运营。

2021年09月22日，南京公交648路、D2路、Y25路，起讫站“扬子乙烯”更名为扬子石化总站。

2021年10月09日，因江北新区大厂地区平顶山路围挡施工范围调整，南京公交648路、D2路、Y25路起讫站“扬子石化总站”临时调整至扬子石化公司。【至2022年4月9日恢复】