1994年，烟台市公共交通公司先后开通多条中巴线路：16路中巴（地方港客运站北上坊）、41路中巴（新石路西炮台南路）、42路中巴（幸福小区塔山游乐城）、43路中巴（新石路烟台山）、45路中巴（虹口路南塂）、46路中巴（师范学院宿舍区烟台山）、48路中巴（市公交修理厂虹口路）、49路中巴（新桥小区市建行）；1995年，新辟47路中巴（珠玑小区幸福八村）、52路中巴（青年南路林家疃）、53路中巴（解村莱山区政府）；1996年，新辟12路中巴（火车站奇山小区）、15路中巴（惠安小区长城宾馆）、44路中巴（福斯达纸业名人俱乐部）。

2005年10月23日，烟台城市公交总公司实行49路中巴退市项目，新辟49路大巴，起讫站为金晖小区国际会展中心。线路实行无人售票，全程1元，投入24台黄海牌DD6801S03型公交车。

2005年11月05日，烟台市完成中巴退市项目，烟台城市公交总公司4路、49路中巴停止运营。

2009年08月12日，烟台公交49路调整走向，起讫站调整为旅游大世界（下行南洪街，上行北大西街、西大街、大海阳路、北马路）（幸福东路）西口；48路西口区间停止运行。

2012年10月27日，烟台公交49路（龙海家园公交场站（环海路、幸福中路）（西大街、南洪街/北大西街、华茂街）旅游大世界）调整走向，起讫站调整为龙海家园公交场站（幸福东路、幸福中路）（北马路、西南河路、华茂街）旅游大世界。

2013年10月25日，烟台公交49路（西口旅游大世界）缩线行驶，起讫站调整为龙海家园公交场站旅游大世界；新辟49路西口区间，起讫站为西口火车站北广场。

2014年09月05日，烟台公交49路（含区间）（龙海家园公交场站（解放路、四马路、南山路）旅游大世界）调整走向，起讫站调整为龙海家园公交场站（解放路、二马路）旅游大世界。

2019年01月30日，烟台公交49路（龙海家园公交场站（芝罘屯路）旅游大世界）调整走向，起讫站调整为龙海家园公交场站（前进路）旅游大世界。