2002年01月01日，昆明市公共汽车总公司新辟96路，起讫站为北部客运站（廖家庙客运站）永昌小区。

2005年04月，为配合廖家庙客运站拆迁改造，昆明新巴南部公司59路（北部客运站（廖家庙客运站）昆明站）线路调整，起讫站调整为昆明站颐华路；60路（北部客运站（廖家庙客运站）昆明站）线路调整，起讫站调整为昆明站颐华路；96路（北部客运站（廖家庙客运站）永昌小区）线路延伸，起讫站调整为公交北市区车场永昌小区。

2008年02月27日，为配合小西门“龟背立交”断交施工，昆明新巴北部公司96路临时调整，去程按原线行驶至一二一大街，经一二一大街、西站立交、西昌路回原线行驶，来回复行。临时新增站点：昆师路口。临时取消站点：建设路、百汇商场、潘家湾（去）。

2011年02月01日，昆明新巴北部公司23路（公交北市区车场昆明站）线路延伸，起讫站调整为北部公交枢纽站昆明站，同步停止运营23路专线。96路（公交北市区车场永昌小区）线路延伸，起讫站调整为北部公交枢纽站永昌小区。昆明公交集团57路（公交北市区车场关上）线路延伸，起讫站调整为北部公交枢纽站关上。相关线路调整后，票价同步调整为两元/人次，运营时间不变。

2020年02月22日，按照昆明市应对新型冠状病毒感染肺炎疫情工作领导小组指挥部《关于恢复和调整昆明市道路、水路旅客运输及主城区部分城市公共交通运营的通告》有关要求及工作安排，昆明公交集团将部分恢复昆明市主城区公交线路。因疫情防控需要，线路将采取“跨站停靠”运行模式，具体恢复运营线路如下：1路、2路、3路、4路、5路、8路、9路、10路、23路、26路、32路、44路、54路、55路、61路、62路、66路、69路、72路、75路、79路、82路、83路、84路、89路、90路、91路、96路、101路、104路、105路、108路、111路甲、111路乙、113路、116路、118路、119路、127路、129路、146路、161路、168路、171路、191路、213路、236路、K9路、K12路、K15路、K19路、Z27路、Z28路。恢复线路将严格落实有关防控措施，切实维护公共卫生安全，乘车需佩戴口罩，对不佩戴口罩的乘客，公交驾驶员及监督员将劝导其佩戴口罩，乘客上下车时应主动完成“云南疫情通”扫码登记。