1999年12月28日，第三客运分公司新辟616路（北潞园小马厂）。
2003年07月19日，第三客运分公司616路（北潞园长椿街）延长为北潞园西单商场。
2007年12月15日，第三客运分公司616路（北潞园西单商场）缩短为北潞园北京西站南广场。
2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。
2020年12月26日，第三客运分公司456路、616路、646路、专23路、专92路、专93路、专94路、快速直达专线119路、快速直达专线129路划转至第六客运分公司运营。
2022年05月12日，按照房山区疫情防控工作要求，途径房山区境内的第三客运分公司391路、964路；第六客运分公司912路采取区间运营措施；第六客运分公司616路、831路、832路、833路、837路、838路、839路、895路、896路、901路、901路快车、904路、906路、917路、917路快车、934路、951路、952路、956路、971路、993路、专93路、专94路、F11路、F12路、F13路、F14路、F16路、F17路、F18路、F19路、F20路、F21路、F22路、F23路、F24路、F25路、F28-F68路联运、F30路、F31路、F33路、F34路、F35路、F36路、F37路、F39路、F41路、F42路、F45路、F51路、F52路、F53路、F54路、F55路、F56路、F58路、F59路、F60路、F62路、F64路、F65路、F66路、F67路、F71路、F72路、F73路、F74路、F75路、F76路、F77路、F80路、F81路、F82路、F83路、F92路、通勤东湖港、通勤石花洞、通勤朱家坟、通勤向阳、快速直达专线32路、快速直达专线63路、快速直达专线86路、快速直达专线118路、快速直达专线119路、快速直达专线129路、快速直达专线130路、快速直达专线140路、快速直达专线151路、快速直达专线154路、快速直达专线176路、快速直达专线177路、快速直达专线187路、集体出行3线、三流水村专线、富合村专线、森水村专线；第八客运分公司948路采取暂停运营措施。
2022年06月02日，按照疫情防控工作要求，前期受房山区疫情封控影响的第六客运分公司831路、833路、906路、956路、专93路、专94路、F1路、F5路、F12路、F13路、F14路、F16路、F17路、F18路、F28路、F30路、F31路、F32路、F33路、F38路、F41路、F42路、F45路、F51路、F55路、F56路、F68路、F71路、F72路、F74路、F76路、F79路、F80路、F82路、F83路、F92路恢复全线运营；616路、646路、835路、837路、839路、901路快车、903路、904路、912路、917路快车、F11路、F15路、F26路、F34路、F35路、F37路、F52路、F53路、F54路、F63路、F70路、F75路、F81路恢复区间运营。
2022年06月09日，按照疫情防控工作要求，前期受丰台区疫情管控影响的第一客运分公司4路、694路、夜18路；第二客运分公司53路、第三客运分公司、48路、49路、50路、51路、54路、62路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、91路、93路、96路、97路、133路、134路、142路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、324路、329路、338路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、390路、391路、395路、400路快车内环、400路快车外环、423路、434路、452路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、485路、497路、501路、511路、529路、550路、556路、599路、602路、622路、627路、631路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679路、679通勤快车、685路、687路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专3路、专4路、专9路、专13路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜12路、夜16路、夜23路、夜36路；第四客运分公司40路、52路、57路、64路、68路、76路、335路、436路、473路、481路、507路、531路、568路、603路、611路、612路、644路、专127路、夜4路；第五客运分公司820路、825路、990路、997路；第六客运分公司456路、616路、646路、827路、829路、832路、835路、836路、839路、840路、845路、895路、896路、901路、901路快车、903路、912路、917路、934路、946路、951路、952路、954路、957路、967路、968路、969路、971路、993路；第七客运分公司973路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、948路、958路、959路、961路、977路、982路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、38路、39路、43路、45路、46路、59路、70路、71路、74路、88路、120路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专138路、专154路、专155路、专156路、专176路、夜2路、夜11路、夜15路恢复全线运营；第一客运分公司141路；第三客运分公司84路、139路、366路、524路、526路、555路、576路、夜28路、专17路、专62路、专189路；第四客运分公司327路、554路、574路、624路、634路、专146路；第五客运分公司821路、828路、943路、986路；第六客运分公司838路、917路快车恢复区间运营。