2007年06月05日，上南巴士969路实施无人售票，单一票价2元。

2014年06月21日，浦东上南771路停止运营，969路同步调整走向。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年06月01日，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）所有线路恢复运营。

2022年09月24日，浦东上南638路、795路、969路、1083路、浦东36路划入浦东杨高，由杨高分公司运营管理。

2023年12月21日，浦东杨高分公司线路归属重新划分：原金桥分公司更名为一分公司，原周浦分公司更名为二分公司，原杨高分公司119路、638路、775路、795路、1019路、1029路、1046路、1083路、浦东36路、浦东89路、浦东112路、花木1路、隧道六线划入一分公司运营管理，原杨高分公司779路、792路、969路、976路、1023路、1042路、1051路、1090路、大桥六线划入二分公司运营管理。