1956年05月，公共汽车公司接管了一系列原私营车运营线路：原颐和园温泉的私营车线路变更为61路，同时延长为西直门北安河；原西直门八大处的私营车线路变更为62路；原南苑三槐堂的私营车线路变更为64路；原东大桥东坝的私营车线路变更为65路。
1957年07月，公共汽车公司61路（西直门北安河）缩短为颐和园温泉并更名为46路，62路（西直门八大处）更名为47路，64路（南苑三槐堂）更名为49路，南苑站更名为三营门；65路（东大桥东坝）更名为50路。
1960年09月28日，因燃油供应紧张，公共汽车公司1路（虎坊路东安市场）、2路（东华门十里堡）、2路支线（东大桥白家庄）、40路（广安门丰台）、45路（地安门十三陵）、夜班线（湾子十里堡）停驶；3路（广渠门动物园）缩短为广渠门地安门，22路（北太平庄永定门）缩短为北太平庄前门，31路（西四丁字街颐和园）缩短为平安里中关村，32路（西直门颐和园）缩短为动物园颐和园，34路（西直门永定路）缩短为动物园永定路，37路（前门石景山）缩短为西单石景山，38路（前门玉泉路）缩短为西单玉泉路，42路（朝阳门万寿宫）缩短为红庙万寿宫，44路（地安门回龙观）缩短为德胜门回龙观，47路（西直门八大处）缩短为动物园八大处；电车公司无轨电车1路（阜成门北池子北口）延长为阜成门十里堡。
1972年11月，公共汽车公司在整理1972年客流调查资料后，提出开调线路的方案时，发现市区线路编号以30路为上限已不够使用，于是把由公共汽车所辖的郊区线路编号加上300。31路（平安里中关村）更名为331路；32路（动物园颐和园）更名为332路；33路（颐和园香山）更名为333路；34路（动物园永定路）更名为334路；35路（展览路丰台火车站）更名为335路；36路（展览路门头沟）更名为336路；37路（宣武门石景山）更名为337路；38路（宣武门永乐小区）更名为338路；39路（广安门云岗）更名为339路；40路（广安门丰台）更名为340路；41路（永定门万源路）更名为341路；42路（郎家园万寿宫/造纸厂）取消高峰时间联运，改为342路（郎家园通县）和317路（通县造纸厂）；43路（虎坊路三营门）更名为343路；44路（德胜门回龙观）更名为344路；45路（德胜门昌平）更名为345路；46路（颐和园温泉/西山农场）更名为346路；47路（动物园八大处）更名为347路；48路（方巾巷炼焦厂）更名为348路；49路（三营门南大红门）更名为349路；50路（朝阳门东坝）更名为350路；51路（右安门丰台）更名为351路；52路（光明楼小红门）更名为352路；53路（三营门丰台）更名为353路；54路（丰台火车站石景山）更名为354路；55路（中关村清河）更名为355路；56路（云岗大灰厂）更名为356路；57路（昌平高崖口）更名为357路；58路（安定门立水桥）缩短为地坛立水桥，同时更名为358路；59路（东直门首都机场）更名为359路；60路（动物园香山）更名为360路；61路（三营门旧宫）更名为361路；62路（颐和园东北旺公社）更名为362路；63路（八王坟红庄）更名为363路；64路（八王坟金盏路）更名为364路；65路（中关村体育学院）更名为365路；66路（永定门黄村）更名为366路。
2001年09月20日，因建动物园枢纽站，第四客运分公司347路（动物园八大处）延长为新街口豁口八大处；北京巴士714路（香山动物园）延长为香山阜成门，812路（城外诚建材城动物园）延长为城外诚建材城世纪城西门，832路（展览馆颐和园）调整为香山阜成门。
2021年06月24日，根据石景山区政府关于八大处公园门区及周边环境综合整治工作部署，做好八大处公交场站腾退和线路调整等相关工作，同时结合雍王府新建公交场站启用，第四客运分公司347路、389路、598路；第八客运分公司958路、972路共5条线路撤出八大处路。347路（新街口豁口八大处）、958路（八大处龙潭公园）、972路（矿建街北口八大处）首（末）站由八大处调整至雍王府；389路（鲁谷公交场站八大处）、598路（张仪村南站八大处）首（末）站由八大处调整至刘娘府北街北口。
2022年05月12日，按照海淀区疫情防疫工作要求，途经海淀区清河街道及周边划定重点区域的第四客运分公司专29路、专60路、专85路采取暂停运营措施；第一客运分公司专89路、第四客运分公司320路、333路、362路、392路、446路、509路、521路、544路、570路、609路、632路、688路、专128路、夜4路；第八客运分公司902路、963路采取区间运营措施；途经海淀区北太平庄街道重点区域的电车客运分公司专168路采取暂停运营措施；第一客运分公司620路；第三客运分公司69路；第四客运分公司145路、331路、347路、375路、438路采取区间运营措施。
2022年06月06日，按照疫情防控工作要求，前期受经海淀区疫情封控影响的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环、450路、604路；第三客运分公司585路；第四客运分公司145路、305路、331路、332路、347路、360路、384路、424路、437路、438路、534路、563路、601路、651路、686路、专12路、专28路、专129路、专144路、专147路、夜8路；电车客运分公司80路、专168路恢复全线运营；第一客运分公司307路；第四客运分公司362路、509路恢复区间运营。