2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2013年07月26日，第六客运分公司661路（太子峪陵园长椿街路口西）缩短为太子峪陵园北京西站。

2015年05月26日，第一客运分公司13路、21路、24路、62路、65路、119路、120路、125路、301路、569路、快速公交3线|BRT3、快速公交3线区间|BRT3区间、专22路划转至电车客运分公司；132路划转至第八客运分公司；659路划转至第七客运分公司；328路划转至第四客运分公司。第二客运分公司2路、5路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、36路、39路、56路、59路、69路、70路、71路、525路、603路、685路、快速公交1线|BRT1、专26路、专56路划转至电车客运分公司；66路、511路、556路、夜12路划转至第三客运分公司；夜15路划转至第六客运分公司。第三客运分公司523路、623路、736路、741路、专96路划转至第二客运分公司；318路、327路、385路、396路、472路、473路、663路、特6路、特10路、特19路、专91路、专108路、专109路、专110路、融景城便民班车划转至第六客运分公司；469路、505路、508路、539路、579路、特4路、特5路划转至第四客运分公司。第四客运分公司15路、16路、26路、45路、46路、47路划转至电车客运分公司；专13路划转至第二客运分公司；395路划转至第三客运分公司。第五客运分公司9路、43路、75路、95路、635路、快速公交2线|BRT2、快速公交2线区间|BRT2区间划转至电车客运分公司；421路划转至第八客运分公司；639路划转至第七客运分公司。第六客运分公司10路、20路、夜17路划转至电车客运分公司；63路、83路、309路、310路、313路、321路、321路区间、323路、338路、351路、354路、451路、477路、480路、661路、692路、专27路划转至第三客运分公司。第七客运分公司特12路内环、特12路外环、夜20路划转至电车客运分公司；467路、660路、677路、专112路、专116路划转至第八客运分公司；54路、684路划转至第二客运分公司；549路、608路划转至第四客运分公司；8路、674路划转至第五客运分公司；689路划转至第一客运分公司。第八客运分公司44路内环、44路外环划转至电车客运分公司；378路、602路划转至第二客运分公司；645路划转至第六客运分公司；特16路划转至第七客运分公司；72路划转至第三客运分公司；630路、696路、698路、714路划转至第四客运分公司；466路划转至第一客运分公司。电车客运分公司359路、418路、夜10路划转至第七客运分公司；423路划转至第三客运分公司。同日起原有的两家分公司联营的夜班线路全部取消联营，由一家分公司独立运营，第二客运分公司与电车客运分公司联营的夜2路由电车客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜3路由第四客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜5路由第六客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜6路由第五客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜7路由第三客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜13路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第三客运分公司联营的夜14路、夜18路由第一客运分公司运营；第四客运分公司与第六客运分公司联营的夜21路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第二客运分公司联营的夜24路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜34路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第六客运分公司联营的夜36路由第三客运分公司运营。

2017年08月31日，第三客运分公司309路（二七厂北京西站南广场）和661路（太子峪陵园北京西站）合并为309路（太子峪陵园北京西站南广场），同时原二七厂北京西站南广场车次缩减中途站位并改为309路区间。