2010年02月08日，浦东南汇新辟书院2路、书院3路、万祥1路。

2011年12月01日，浦东南汇书院3路（新欣路新府路老芦公路书塘路（石皮泐））调整走向，起讫站调整为新欣路新府路书塘路两港大道。

2019年06月08日，为配合书院镇污水管道施工，浦东南汇1063路、1094路、1124路、书院2路、书院3路新欣路新府路终点站临时调整为老芦公路新港。（1063路、书院3路已于2020年09月01日恢复至新欣路新府路，其余线路暂缓恢复。）

2020年09月28日，因书塘路道路施工，浦东南汇书院3路临时缩线行驶，书塘路两港大道终点站临时调整为老芦公路书塘路。2020年10月22日恢复。

2022年01月01日，浦东南汇三分公司所有线路划入临港公交运营管理。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，临港公交所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，除洋山专线外，临港公交所有线路恢复运营。

2023年08月25日，临港公交书院3路（新欣路新府路书塘路两港大道）缩线行驶，起讫站调整为新欣路新府路书塘路书耘路。

2023年11月14日，为配合书院镇镇管道路大中修工程，临港公交1063路、书院3路新欣路新府路终点站临时调整为老芦公路新港；书院2路新欣路新府路终点站临时调整为书院社区公交枢纽站；1124路暂停运营。