1999年04月15日，公交总公司新辟54路，起讫站为中山码头晓庄。

2014年05月31日，因中山码头地区江边路改造，导致部分公交线路无法正常通行，江南公交10路（中山码头长途东站）缩线行驶，起讫站调整为南京西站长途东站；54路（万寿停车场中山码头）缩线行驶，起讫站调整为万寿停车场南京西站（至2014年12月1日恢复）；302路（中山码头新街口西）缩线行驶，起讫站调整为农贸中心新街口西。

2019年11月01日，因南京公交集团整体改制，原江南公交第五巴士公司负责运营的6路、10路、12路、18路、22路、24路、30路、31路、34路、53路、54路、78路、95路、117路、118路、134路、162路、302路、307路、337路、Y2路、Y9路、Y10路、Y15路整建制并入改制后的第一客运公司（原第一巴士公司）运营管理，第五巴士公司不再保留。

2021年05月02日，南京公交54路起讫站“中山码头”更名为中山码头北。

2022年12月03日，因高力家居港经营需要收回公交场站另作他用，结合公交集团前期意见征集结果，南京公交6路（高力家居港清凉山公园【上行】/清凉山公园大瓜园（高力家居港）【下行】）调整走向，起讫站调整为万寿停车场清凉山公园；54路（万寿停车场中山码头北）线路延伸，起讫站调整为月苑南路中山码头北。