1998年09月10日，中北巴士新辟64路，起讫站为新港开发区南京车站。

2012年07月31日，南京中北集团巴士分公司委托南京公共交通（集团）有限公司管理运营，委托期4年，更名为南京江南公交客运有限公司第一巴士公司。

2014年08月08日，江南公交36路、117路、141路、南栖线［同时番号调整为206路］、南上线［同时番号调整为207路］、南汤线［同时番号调整为208路］、817路［同时番号调整为Y17路］起讫站调整至南京站·北广场东；江南公交32路、64路、801路［同时番号调整为Y1路］、扬子公交汉江线区间线［同时番号调整为510路］、136路［同时番号调整为536路］起讫站调整至南京站·北广场西；江南公交117路（南堡公园西公交总公司）调整走向，起讫站调整为南堡公园西南京站·北广场西；游1路（迈皋桥广场中山陵停车场）缩线行驶并更名为201路，起讫站调整为南京站·南广场西中山陵停车场。

2016年07月01日，南京公交集团结束对中北巴士的托管管理，江南公交第一巴士公司旗下线路1路、3路、8路、11路、25路、28路、32路、40路、42路、45路、63路、64路、65路、66路、67路、68路、69路、71路、72路、73路、74路、76路、77路、79路、114路、122路、125路、130路、140路、143路、145路、146路、159路、176路、178路、184路、194路、195路、196路、197路、198路、199路、200路、201路、203路、206路、207路、208路、303路、308路、311路、315路、318路、319路、327路、328路、331路、332路、333路、334路、335路、336路、玉葛线、D5路、Y1路、Y19路、Y23路、B1路接驳线全面以公交集团标准运营管理，继续沿用第一巴士公司名称。

2022年10月27日，晚10时起，根据南京市疫情防控工作的相关要求，南京公交24路、64路、71路、76路、79路、101路、105路、125路、131路、140路、145路、175路、176路、177路、300路、308路、311路、331路、332路、333路、334路、336路、341路、K1路、K2路、Y2路、Y9路、Y15路、Y23路暂停服务。【至2022年11月6日恢复】

2023年07月27日，南京公交集团推出11路、64路、552路、603路为“敬老线”。