2011年03月31日，浦东上南新辟1003路，起讫站为永泰路东明路云台路杨南路。

2011年08月25日，浦东上南1003路（永泰路东明路云台路杨南路）临时缩线行驶，起讫站调整为永泰路东明路云台路华夏西路。2011年10月16日恢复原线。

2011年11月19日，浦东上南1003路（永泰路东明路云台路杨南路）调整走向，起讫站调整为永泰路东明路永泰路东明路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东上南83路、161路、572路、583路、604路、638路、784路、786路、789路、981路、1003路、1007路、1012路、1013路、1021路、1034路、1049路、1050路、1076路、1083路、1118路、1122路、1131路、浦东36路、浦东43路、浦东73路、浦东80路、浦东100路、花木2路恢复运营。

2024年04月01日，浦东上南二分公司拆分：83路、84路、572路、780路、786路、789路、970路、1003路、1050路、1076路、浦东43路、隧道一线、北蔡2路划入六分公司，1048路、1049路、1118路、978路划入三分公司，机场七线划入一分公司。