2006年04月28日，昆山公交新辟昆山16路，起讫站为中大柏庐天下龙腾光电。

2006年12月27日，为配合昆山市汽车客运中心站正式启用，昆山公交新辟昆山88路，起讫站为老客站新客站，昆山3路、昆山103路、昆山117路起讫站由火车站调整为新客站，昆山6路起讫站由中华园调整为新客站，昆山16路起讫站由中大柏庐天下调整为新客站，昆山18路起讫站由百润发调整为新客站，昆山122路、昆山124路、昆山126路起讫站由汽车站调整为新客站。原汽车站更名为老客站。

2012年03月01日，昆山公交收回线路昆山16路经营权，实行公车公营。

2012年09月18日，昆山公交昆山16路（新客站龙腾光电）调整走向，起讫站调整为新客站蓬朗客运站，昆山107路同步停止运营。

2022年05月07日，昆山公交先期恢复运营20条线路：昆山1路、昆山2路、昆山7路、昆山8路、昆山9路、昆山10路、昆山11路、昆山12路、昆山16路、昆山20路、昆山22路、昆山28路、昆山29路、昆山30路、昆山32路、昆山52路、昆山59路、昆山112路、昆山113路、昆山130路。