2021年09月01日，曲靖市公共汽车总公司新辟39路，起讫站为小河底公交枢纽上柿花营（戒毒所）。

2022年11月26日，根据沾益区疫情防控工作要求，曲靖公交31路、32路、35路、36路、37路、39路临时停运，恢复时间视疫情处置情况另行通知。

2022年12月06日，按照疫情防控工作要求，前期受麒麟区、沾益区疫情管控影响临时缩短运营线路及临时停止运营的曲靖公交3路、12路、茨营胡家坟定制公交专线、31路、32路、33路、35路、36路、37路、39路、K1路恢复正常线路运营。

2023年07月17日，曲靖公交39路（小河底公交枢纽上柿花营（戒毒所））线路延伸，起讫站调整为小河底公交枢纽轩家社区。

2024年11月01日，曲靖公交39路（小河底公交枢纽轩家社区）线路延伸，起讫站调整为小河底公交枢纽桃园社区。