2014年09月15日，浦东南汇新辟浦东31路，起讫站为沈家港路欣铁路拱极路南祝路。

2020年05月01日，为配合老港镇建中路道路改造工程，浦东南汇浦东31路（沈家港路欣铁路拱极路南祝路）临时调整走向，起讫站调整为港怡路建中路公交停车场拱极路南祝路。

2021年11月24日，为配合老港镇沈家港路道路大修，浦东南汇浦东31路（拱极路南祝路(惠南地铁站)沈家港路欣铁路）临时缩线行驶，起讫站临时调整为拱极路南祝路(惠南地铁站)建中路大河村，1035路暂停运营。（至2022年01月25日恢复）

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东南汇1038路、1069路、1108路、1127路、1138路、1162路、浦东7路、浦东9路、浦东23路、浦东24路、浦东30路、浦东31路、浦东34路、浦东51路、浦东55路、浦东69路、浦东70路、浦东79路、浦东92路、浦东96路、浦东104路、惠南3路、惠南4路、航头4路、祝桥2路、沪南线恢复运营。

2023年06月01日，浦东南汇部分线路分公司调整：一分公司1038路、1082路、惠南10路、南南线划入二分公司，浦东98路划入六分公司；二分公司浦东30路、浦东31路、浦东79路划入一分公司，浦东70路划入五分公司；六分公司1070路、1137路、1138路、惠南2路、惠南3路、惠南4路、惠南6路、惠南8路、南园1路划入一分公司，浦东57路划入二分公司。

2023年06月17日，配合欣和村老年活动室施工，浦东南汇1035路（沈家港路欣铁路纬二路建中路）临时缩线行驶，起讫站调整为欣铁路丽园纬二路建中路；浦东31路（沈家港路欣铁路拱极路南祝路）临时缩线行驶，起讫站调整为建中路大河村拱极路南祝路。