2005年12月16日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划，涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线（城外诚建材城北京站）变更为25路；120路支线（甘露园前门）变更为126路；320路支线（北京西站西苑）变更为319路；373路支线（衙门口公主坟）变更为436路；374路支线（北京西站颐和园南门）变更为437路；413路支线（南十里居单店）变更为424路；417路支线（鲁疃安定门）变更为426路；406路支线（单店十条豁口）变更为431路；605路支线（公主坟西道口）变更为612路，同时调整为马场公主坟；727路支线（北京西站海䴖落）变更为722路；732路支线（颐和园寿宝庄）变更为712路，同时调整为颐和园团河北村；744路支线（王佐站北京站东街）变更为739路；803路支线（二拔子新村安定门）变更为805路；817路支线（杜家坎宝盛里小区）变更为809路；819路支线（宏福苑小区翡翠城小区）路号变更为839路；846路支线（东潞苑小区定慧桥）变更为855路；901路（阜成路黄村火车站）变更为631路，901路快车（阜成路黄村火车站）变更为631路快车；905路（长丰园南站颐和园南门）变更为635路；908路（北京站东街黎各庄）变更为639路；908路支线（北京站东街半壁店）变更为640路；921路（大峪东湖）变更为645路，同时缩短为大峪民族园路；932路（小红庙金五星百货城）变更为650路；941路（恩济西街北苑家园）变更为653路；946路（城外诚建材城定慧桥）变更为654路；946路支线（八里河卫生院）变更为655路，同时调整为方庄南口鹿圈卫生院；953路（左家庄黎各庄）变更为659路；962路（黄村火车站白石桥）变更为660路；965路（五芳园西站黑石头村）变更为663路，同时调整为苹果园南小马厂。

2013年07月26日，第六客运分公司437路（北京西站颐和园新建宫门）缩短为颐和园新建宫门公主坟北。

2016年12月31日，第四客运分公司437路（颐和园新建宫门公主坟北）延长为地铁安河桥北站公主坟北，同步撤销482路（地铁安河桥北站彰化路东口）。

2022年05月17日，按照海淀区疫情防控工作要求，途经海淀区的第一客运分公司450路；第三客运分公司62路；第四客运分公司305路、360路、437路、563路、575路、651路、专28路、专147路、374路、专129路采取暂停运营措施；前期采取区间运营措施的第四客运分公司145路、362路、375路、438路、644路、686路改为暂停运营。

2022年06月06日，按照疫情防控工作要求，前期受经海淀区疫情封控影响的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环、450路、604路；第三客运分公司585路；第四客运分公司145路、305路、331路、332路、347路、360路、384路、424路、437路、438路、534路、563路、601路、651路、686路、专12路、专28路、专129路、专144路、专147路、夜8路；电车客运分公司80路、专168路恢复全线运营；第一客运分公司307路；第四客运分公司362路、509路恢复区间运营。