2008年10月26日，天桥分公司927路延长线调整走向并更名为997路，原亦庄站更名为亦庄工业园区。

2010年02月28日，德外分公司解散，所属线路划转至其他公司运营。通州分公司接收991路；东直门分公司接收913路、939路、944路、944路支线、973路、988路；延庆分公司接收947路、949路；河滩分公司接收909路、963路、982路。同时，天桥分公司976路、976路区间、976路区间快车、997路划转至大兴分公司；东直门分公司970路、980路、980路快车、987路、前火岭专线、不老屯专线、四合堂专线划转至怀柔分公司。

2016年06月26日，天桥分公司、大兴分公司合并为大兴分公司；延庆分公司、河滩分公司合并为延庆分公司；东直门分公司、怀柔分公司合并为东直门分公司。同时，原大兴分公司825路、826路、828路、841路、846路、849路、926路、940路、943路、953路、975路、976路、997路、文安专线、固安专线、固安1路、固安2路、固安3路、固安4路、通勤采育划转至通州分公司运营。原怀柔分公司860路、865路、905路、922路、966路、984路、985路、990路、996路、天通苑通勤快车[金融街]、天通苑通勤快车[国贸]、天通苑通勤快车[中关村]划转至延庆分公司运营。

2020年10月09日，为提升运营效率，改善运营秩序，加强线路在于家务、马驹桥、亦庄地区的服务能力，第五客运分公司927路（南刘庄木樨园桥东）调整为南刘庄亦庄桥北。同时配合927路调整，997路（经海二路公交场站北京西站南广场）中途改行德贤路、榴乡路，覆盖927路调整撤出路段。

2022年05月21日，按照丰台区疫情防控工作要求，途经丰台区的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环；第二客运分公司53路；第三客运分公司48路、49路、50路、51路、54路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、133路、134路、137路、139路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、329路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、391路、395路、423路、434路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、497路、501路、511路、524路、526路、529路、550路、555路、556路、565路、576路、602路、622路、627路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679通勤快车、680路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专4路、专9路、专13路、专17路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专62路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜16路、夜23路；第四客运分公司52路、76路区间、327路、436路、481路、507路、574路、611路、专146路；第五客运分公司825路、997路；第六客运分公司456路、646路、845路、848路、903路、912路、946路、968路、969路；电车客运分公司17路、25路、39路、70路、71路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专155路、专156路、专176路、夜15路采取暂停运营措施；第一客运分公司4路、141路、694路、夜18路；第三客运分公司84路、142路、324路、366路、485路、599路、631路、679路、685路、687路、夜12路、夜28路、夜36路；第四客运分公司40路、57路、68路、76路、568路、598路、603路、612路、夜4路；第五客运分公司820路、821路、849路；第六客运分公司827路、829路、840路、954路、957路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、961路、977路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、19路、38路、43路、45路、46路、59路、88路、120路、专154路、夜2路、夜11路采取区间运营措施。

2022年06月09日，按照疫情防控工作要求，前期受丰台区疫情管控影响的第一客运分公司4路、694路、夜18路；第二客运分公司53路、第三客运分公司、48路、49路、50路、51路、54路、62路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、91路、93路、96路、97路、133路、134路、142路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、324路、329路、338路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、390路、391路、395路、400路快车内环、400路快车外环、423路、434路、452路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、485路、497路、501路、511路、529路、550路、556路、599路、602路、622路、627路、631路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679路、679通勤快车、685路、687路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专3路、专4路、专9路、专13路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜12路、夜16路、夜23路、夜36路；第四客运分公司40路、52路、57路、64路、68路、76路、335路、436路、473路、481路、507路、531路、568路、603路、611路、612路、644路、专127路、夜4路；第五客运分公司820路、825路、990路、997路；第六客运分公司456路、616路、646路、827路、829路、832路、835路、836路、839路、840路、845路、895路、896路、901路、901路快车、903路、912路、917路、934路、946路、951路、952路、954路、957路、967路、968路、969路、971路、993路；第七客运分公司973路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、948路、958路、959路、961路、977路、982路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、38路、39路、43路、45路、46路、59路、70路、71路、74路、88路、120路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专138路、专154路、专155路、专156路、专176路、夜2路、夜11路、夜15路恢复全线运营；第一客运分公司141路；第三客运分公司84路、139路、366路、524路、526路、555路、576路、夜28路、专17路、专62路、专189路；第四客运分公司327路、554路、574路、624路、634路、专146路；第五客运分公司821路、828路、943路、986路；第六客运分公司838路、917路快车恢复区间运营。