2009年11月01日，崇明大众（由巴士集团托管）新辟申崇一线、申崇二线、申崇二线区间、陈凤线。申崇线、沪崇专线同步停止运营。

2010年07月01日，配合中环共和新路综合客运交通枢纽启用，崇明巴士申崇一线、申崇三线终点站由北区汽车站调整至汶水路共和新路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。