2014年08月20日，江南公交802路更名为Y2路；803路更名为Y3路；804路更名为Y4路；805路更名为Y5路；806路更名为Y6路；807路更名为Y7路；810路更名为Y10路；812路更名为Y12路；814路更名为Y14路；Y15路更名为Y15路；818路更名为Y18路；819路更名为Y19路；820路更名为Y20路；822路更名为Y22路；824路更名为Y24路。

2018年12月24日，江南公交Y5路（西花岗江东中路·江东门北街）线路延伸，起讫站调整为中花岗总站江东中路·江东门北街；Y14路（西花岗公交四公司）线路延伸，起讫站调整为中花岗总站公交四公司。

2025年01月18日，为提升夜间公交线网整体运行效率，南京公交Y2路（幕府创新小镇应天大街·雨花路）调整走向，起讫站调整为幕府创新小镇雨花南路总站。Y5路（中花岗总站江东中路·江东门北街）缩线行驶，起讫站调整为中花岗总站新街口·石鼓路。Y24路（白下高新园区新街口东）线路延伸，起讫站调整为白下高新园区东宝路总站。同时Y14路停止运营；Y8路（公交车辆厂南京站·南广场东）调整走向，起讫站调整为南京南站南京站·南广场东，本线路由第三客运公司划归第四客运公司运营管理。Y17路（汇景西路南京站·北广场东【上行】/南京站·北广场东汇康路【下行】）调整走向，起讫站调整为汇景西路东宝路总站【上行】/东宝路总站汇康路【下行】。同时Y6路停止运营。