2012年01月10日，崇明巴士凤潘线（同步更名为长兴3路）、凤圆线（同步更名为长兴2路）、长兴1路、横新线（同步更名为横沙3路）、横沙1路、横沙2路调整票价为单一2元。

2012年04月25日，崇明巴士横沙3路（横沙码头兴隆村）线路延伸，起讫站调整为横沙码头新联村。原线路保留为区间模式运营。

2020年02月19日，配合上海市疫情防控措施，崇明巴士横沙2路、横沙3路临时停运。2020年03月26日恢复。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士城桥4路、南牛线、南跃线、南海线、南堡支线、南建专线、1712路、1713路、堡红线、堡四线、堡七线、堡陈专线、长兴1路、长兴3路、横沙3路、崇明东滩1路、崇明东滩3路恢复运营。