2007年04月14日，北京公交集团实施第五批优化公交线网方案，优化拆分长途穿城线路。新奥客运分公司749路（东北旺土井村亮马厂）拆分为509路（东北旺土井村一亩园）和682路（亮马厂城铁北苑站）。

2009年12月29日，配合西苑公交枢纽竣工，北京公交集团319路、320路、393路、432路、476路、509路、671路进驻西苑枢纽站。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2010年12月28日，第四客运分公司509路（东北旺土井村西苑枢纽站）调整为城铁西二旗站西苑枢纽站；664路（地铁苹果园站城铁上地站）调整为地铁苹果园站城铁西二旗站；717路（菜户营桥东东北旺中路）缩短为菜户营桥东城铁西二旗站。

2017年11月17日，第四客运分公司撤销429路（东北旺中路志新桥西）、562路（中央党校北门北太平桥西）；375路（西直门北韩家川）同步调整为西直门北东北旺中路；替代原375路北段走向，特6路（韩家川南站北京西站）调整中途走向同时更名为394路；替代原562路部分走向，509路（地铁西二旗站西苑枢纽站）同步调整为地铁西二旗站中央党校北门。

2022年05月12日，按照海淀区疫情防疫工作要求，途经海淀区清河街道及周边划定重点区域的第四客运分公司专29路、专60路、专85路采取暂停运营措施；第一客运分公司专89路、第四客运分公司320路、333路、362路、392路、446路、509路、521路、544路、570路、609路、632路、688路、专128路、夜4路；第八客运分公司902路、963路采取区间运营措施；途经海淀区北太平庄街道重点区域的电车客运分公司专168路采取暂停运营措施；第一客运分公司620路；第三客运分公司69路；第四客运分公司145路、331路、347路、375路、438路采取区间运营措施。

2022年05月15日，按照海淀区疫情防控工作要求，受场站疫情封闭影响，依托中央党校北门场站驻发的第四客运分公司534路暂停运营；前期采取区间运营措施的509路改为暂停运营；644路、686路采取区间运营措施。

2022年06月06日，按照疫情防控工作要求，前期受经海淀区疫情封控影响的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环、450路、604路；第三客运分公司585路；第四客运分公司145路、305路、331路、332路、347路、360路、384路、424路、437路、438路、534路、563路、601路、651路、686路、专12路、专28路、专129路、专144路、专147路、夜8路；电车客运分公司80路、专168路恢复全线运营；第一客运分公司307路；第四客运分公司362路、509路恢复区间运营。