1995年10月，公交总公司新辟36路，起讫站为理工大学南京车站。

1996年，公交总公司36路实施无人售票。

2002年，公交总公司36路（理工大学南京车站）线路延伸，起讫站调整为省农科院南京车站。

2007年02月12日，公交总公司36路（省农科院南京车站）线路延伸，起讫站调整为柳营南京车站。

2014年08月08日，江南公交36路、117路、141路、南栖线［同时番号调整为206路］、南上线［同时番号调整为207路］、南汤线［同时番号调整为208路］、817路［同时番号调整为Y17路］起讫站调整至南京站·北广场东；江南公交32路、64路、801路［同时番号调整为Y1路］、扬子公交汉江线区间线［同时番号调整为510路］、136路［同时番号调整为536路］起讫站调整至南京站·北广场西；江南公交117路（南堡公园西公交总公司）调整走向，起讫站调整为南堡公园西南京站·北广场西；游1路（迈皋桥广场中山陵停车场）缩线行驶并更名为201路，起讫站调整为南京站·南广场西中山陵停车场。

2025年05月05日，为合理优化公交线网布局，提升线路通达性，解决部分线路无公交场站供车辆续航等问题，结合征求意见期间乘客提出的有效建议，南京公交36路（柳营南京站·北广场东）调整走向，起讫站调整为杨庄新模范马路东；80路（富贵山福园街）调整走向，起讫站调整为柳营集庆门大街·湖西街；89路（钟灵街上坊西）线路延伸，起讫站调整为柳营上坊西。