1998年05月12日，公交总公司新辟46路，起讫站为双桥门鼓楼。

2004年06月01日，公交总公司46路（双桥门鼓楼）线路延伸，起讫站调整为雨花台南大门鼓楼。

2006年01月26日，为方便景明佳园附近居民出行，公交总公司46路（雨花台南大门鼓楼）调整走向，起讫站调整为景明佳园鼓楼；61路（雨花台南大门五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为景明佳园五洲装饰城。

2019年11月01日，南京公交集团第三客运公司26路、46路、61路、75路、87路、88路、98路、99路、103路、108路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第四客运公司运营管理。

2021年05月01日，南京公交集团第四客运公司26路、44路、46路、61路、75路、88路、98路、99路、103路、111路、113路、127路、171路、338路、340路、Y8路划归第三客运公司运营管理。