2005年12月16日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划，涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线（城外诚建材城北京站）变更为25路；120路支线（甘露园前门）变更为126路；320路支线（北京西站西苑）变更为319路；373路支线（衙门口公主坟）变更为436路；374路支线（北京西站颐和园南门）变更为437路；413路支线（南十里居单店）变更为424路；417路支线（鲁疃安定门）变更为426路；406路支线（单店十条豁口）变更为431路；605路支线（公主坟西道口）变更为612路，同时调整为马场公主坟；727路支线（北京西站海䴖落）变更为722路；732路支线（颐和园寿宝庄）变更为712路，同时调整为颐和园团河北村；744路支线（王佐站北京站东街）变更为739路；803路支线（二拔子新村安定门）变更为805路；817路支线（杜家坎宝盛里小区）变更为809路；819路支线（宏福苑小区翡翠城小区）路号变更为839路；846路支线（东潞苑小区定慧桥）变更为855路；901路（阜成路黄村火车站）变更为631路，901路快车（阜成路黄村火车站）变更为631路快车；905路（长丰园南站颐和园南门）变更为635路；908路（北京站东街黎各庄）变更为639路；908路支线（北京站东街半壁店）变更为640路；921路（大峪东湖）变更为645路，同时缩短为大峪民族园路；932路（小红庙金五星百货城）变更为650路；941路（恩济西街北苑家园）变更为653路；946路（城外诚建材城定慧桥）变更为654路；946路支线（八里河卫生院）变更为655路，同时调整为方庄南口鹿圈卫生院；953路（左家庄黎各庄）变更为659路；962路（黄村火车站白石桥）变更为660路；965路（五芳园西站黑石头村）变更为663路，同时调整为苹果园南小马厂。

2006年01月18日，北京巴士809路（杜家坎宝盛里小区）调整为晓月苑小区宝盛里小区。

2006年11月15日，北京公交集团实施第三批优化公交线网方案，双层客运分公司809路（晓月苑小区宝盛里小区）拆分为809路（晓月苑小区外文印刷厂西门）和476路（宝盛里小区西苑），476路同时划转至新奥客运分公司。

2008年03月26日，新奥客运分公司50路划转至第六客运分公司。双层客运分公司458路、459路、507路、809路划转至第三客运分公司。专线客运分公司670路（670路[上东廓]）划转至第一客运分公司。

2010年07月26日，北京公交集团针对一批线路进行路号调整，809路（晓月苑小区外文印刷厂西门）路号变更为77路，617路（鲁谷公交场站广安门）路号变更为78路，619路（鲁谷公交场站保福寺桥西）路号变更为79路，606路（东湖北官厅）路号变更为130路，614路（东直门望京科技创业园）路号变更为131路，623路（东直门枢纽站望京北路东口）路号变更为132路，634路（西直门香山公园东门）路号变更为563路，608路（单店四惠桥）路号变更为595路，602路（国际展览中心北苑家园）路号变更为596路，621路（鲁谷公交场站黑石头村）路号变更为597路，622路（西道口八大处）路号变更为598路，655路（方庄南口鹿圈卫生院）路号变更为599路，839路（宏福苑小区西和平东桥）路号变更为607路，855路（刘庄北站神路街）路号变更为615路，803路（时代庄园北站彩虹城小区）路号变更为特11路。