2012年03月01日，怀柔分公司996路（平西王府公交场站肖村桥西）拆分为996路（平西王府公交场站地铁西二旗站）和990路（小红门牌坊村地铁公益西桥站）。

2016年06月26日，天桥分公司、大兴分公司合并为大兴分公司；延庆分公司、河滩分公司合并为延庆分公司；东直门分公司、怀柔分公司合并为东直门分公司。同时，原大兴分公司825路、826路、828路、841路、846路、849路、926路、940路、943路、953路、975路、976路、997路、文安专线、固安专线、固安1路、固安2路、固安3路、固安4路、通勤采育划转至通州分公司运营。原怀柔分公司860路、865路、905路、922路、966路、984路、985路、990路、996路、天通苑通勤快车[金融街]、天通苑通勤快车[国贸]、天通苑通勤快车[中关村]划转至延庆分公司运营。

2016年09月26日，延庆分公司865路、985路、990路划转至通州分公司运营。

2022年05月04日，按照朝阳区疫情防控工作要求，朝阳区朝阳路以南（不含朝阳路）的第一客运分公司439路；第二客运分公司11路、28路、29路、31路、98路、138路、348路、363路、382路、397路、455路、457路、475路、513路、532路、535路、561路、637路、638路、临6路、夜19路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司93路、352路、378路；第五客运分公司865路、985路、990路、995路；第九客运分公司定制公交003XX、定制公交004XX、定制公交008XX、定制公交014XX、定制公交015XX、定制公交016XX、定制公交017XX、定制公交020XX、定制公交046XX、定制公交047XX、定制公交056XX、定制公交057XX、定制公交060XX、定制公交066XX、定制公交069XX、定制公交070XX、定制公交075XX、定制公交076XX、定制公交079XX、定制公交083XX、定制公交085XX、定制公交096XX、定制公交099XX、定制公交100XX、定制公交101XX、定制公交105XX、定制公交114XX、定制公交129XX、定制公交134XX、定制公交135XX、定制公交166XX、定制公交176XX、定制公交177XX、定制公交182XX、定制公交195XX、定制公交201XX、定制公交202XX、定制公交203XX、定制公交204XX、定制公交210XX、定制公交211XX、定制公交216XX、定制公交272XX、定制公交280XX、定制公交286XX、定制公交322XX、定制公交331XX、定制公交388XX、定制公交398XX、巡游定制公交[小红门]、巡游定制公交[望京]；电车客运分公司36路采取暂停运营措施；第一客运分公司657路；第二客运分公司8路、23路、34路、35路、41路、53路、58路、63路、126路、312路、322路、364路、388路、402路、403路、405路、411路、440路、451路、468路、486路、488路、496路、506路、517路、553路、605路、615路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、671路、690路、夜25路、夜27路、夜29路、专141路；第三客运分公司54路、72路、602路、680路、夜7路、夜23路、专161路、专162路；第四客运分公司1路、52路、57路、夜1路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、818路、846路、975路、976路、986路；第六客运分公司848路；第七客运分公司973路、988路、989路；电车客运分公司25路、71路、113路、128路采取区间运营措施。

2022年06月09日，按照疫情防控工作要求，前期受丰台区疫情管控影响的第一客运分公司4路、694路、夜18路；第二客运分公司53路、第三客运分公司、48路、49路、50路、51路、54路、62路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、91路、93路、96路、97路、133路、134路、142路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、324路、329路、338路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、390路、391路、395路、400路快车内环、400路快车外环、423路、434路、452路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、485路、497路、501路、511路、529路、550路、556路、599路、602路、622路、627路、631路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679路、679通勤快车、685路、687路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专3路、专4路、专9路、专13路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜12路、夜16路、夜23路、夜36路；第四客运分公司40路、52路、57路、64路、68路、76路、335路、436路、473路、481路、507路、531路、568路、603路、611路、612路、644路、专127路、夜4路；第五客运分公司820路、825路、990路、997路；第六客运分公司456路、616路、646路、827路、829路、832路、835路、836路、839路、840路、845路、895路、896路、901路、901路快车、903路、912路、917路、934路、946路、951路、952路、954路、957路、967路、968路、969路、971路、993路；第七客运分公司973路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、948路、958路、959路、961路、977路、982路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、38路、39路、43路、45路、46路、59路、70路、71路、74路、88路、120路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专138路、专154路、专155路、专156路、专176路、夜2路、夜11路、夜15路恢复全线运营；第一客运分公司141路；第三客运分公司84路、139路、366路、524路、526路、555路、576路、夜28路、专17路、专62路、专189路；第四客运分公司327路、554路、574路、624路、634路、专146路；第五客运分公司821路、828路、943路、986路；第六客运分公司838路、917路快车恢复区间运营。