2016年06月26日，天桥分公司、大兴分公司合并为大兴分公司；延庆分公司、河滩分公司合并为延庆分公司；东直门分公司、怀柔分公司合并为东直门分公司。同时，原大兴分公司825路、826路、828路、841路、846路、849路、926路、940路、943路、953路、975路、976路、997路、文安专线、固安专线、固安1路、固安2路、固安3路、固安4路、通勤采育划转至通州分公司运营。原怀柔分公司860路、865路、905路、922路、966路、984路、985路、990路、996路、天通苑通勤快车[金融街]、天通苑通勤快车[国贸]、天通苑通勤快车[中关村]划转至延庆分公司运营。
2020年01月28日，受疫情影响，北京公交集团兴隆城际班车、滦平城际班车、丰宁城际班车、燕郊专线、固安专线、880路快车、899路、898路、高碑店城际班车、810路快车、811路、812路、814路、815路、815路快车、816路、817路、818路快车、819路、828路、882路、893路、894路、910路、930路、938路快车、943路、通勤香汐、快速直达专线9路、快速直达专线20路、快速直达专线61路暂停运营，880路、838路、917路快车、810路、813路、822路、849路、938路调整为区间模式营运；北汽集团观光1线、观光2线、观光3线暂停运营。
2020年03月14日，受疫情影响前期停运的第五客运分公司849路、固安专线恢复运营。因河北省交管局禁止高速车辆超员，固安专线由原锦绣大道固安收费站上高速改走G106进京后由榆垡收费站上高速，增设“东庄子村南”、“固安工业园区”两站，撤销“固安中央公园”站。
2020年06月20日，受疫情影响，配合河北省地方疫情防控需要，第五客运分公司固安专线暂停运营，849路（固安西站永定门长途汽车站）调整为河沿永定门长途汽车站区间模式运营。
2020年07月26日，第五客运分公司前期因疫情影响暂停运营的805路、812路、816路、819路、930路、828路、943路、固安专线以及调整为区间模式运营的805路、849路自该日首班车起全线恢复运营。同日起819路（诸葛店地铁草房站）缩短为诸葛店地铁潞城站。
2021年01月09日，为配合疫情防控工作，北京公交集团880路快车、898路、899路、858路、859路、936路、805路快车、828路、943路、固安专线暂停运营； 849路（永定门长途汽车站固安西站）采取永定门长途汽车站河沿区间措施；880路（沙城客运站地铁朱辛庄站）采取地铁朱辛庄站康庄西站区间措施；917路快车（欧美亚汽车城北京西站南广场）采取张坊汽车站北京西站南广场区间措施；805路（廊坊通州北苑路口西）采取小甸屯通州北苑路口西区间措施；826路（采四小区地铁荣昌东街站）采取再城营地铁荣昌东街站区间措施。
2021年03月15日，前期受疫情影响采取区间运营措施的第五客运分公司805路、826路、849路；第六客运分公司838路、917路快车；第八客运分公司880路；采取暂停运营措施的第五客运分公司805路快车、816路、819路、828路、894路、910路、燕郊专线、固安专线；第六客运分公司高碑店城际班车；第八客运分公司880路快车，自首班车起恢复全线运营。
2021年12月26日，为方便榆垡地区乘客接驳地铁大兴线天宫院站，自首车起，第五客运分公司固安专线（固安南站地铁天宫院站）增设河沿、东胡林、榆昌路东口、榆垡路东口、榆垡南站、榆垡六处大兴区域内中途站位，同时路号变更为940路。