2005年10月23日，烟台城市公交总公司实行4路退市项目，新辟12路，线路实行无人售票，全程2元，投入大巴车8台，起讫站为火车站东玉树庄。

2010年09月12日，烟台公交12路（西玉树庄（南大街）火车站北广场）调整走向，起讫站调整为西玉树庄（西炮台南路、新石路、大海阳路）火车站北广场。

2017年05月07日，烟台公交12路（中大德美学校（西玉树庄）火车站北广场）调整走向，起讫站调整为中大德美学校（西玉树庄）火车站（顺时针单循环）。

2020年11月28日，烟台公交12路（中大德美学校（西玉树庄）（只楚路）火车站）调整走向，起讫站调整为中大德美学校（西玉树庄）（凤凰台路）火车站。

2022年07月06日，烟台公交新购置的26辆中车TEG6105BEV21型空调纯电动公交车辆，正式在12路、57路上线运营。