2005年12月16日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划，涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线（城外诚建材城北京站）变更为25路；120路支线（甘露园前门）变更为126路；320路支线（北京西站西苑）变更为319路；373路支线（衙门口公主坟）变更为436路；374路支线（北京西站颐和园南门）变更为437路；413路支线（南十里居单店）变更为424路；417路支线（鲁疃安定门）变更为426路；406路支线（单店十条豁口）变更为431路；605路支线（公主坟西道口）变更为612路，同时调整为马场公主坟；727路支线（北京西站海䴖落）变更为722路；732路支线（颐和园寿宝庄）变更为712路，同时调整为颐和园团河北村；744路支线（王佐站北京站东街）变更为739路；803路支线（二拔子新村安定门）变更为805路；817路支线（杜家坎宝盛里小区）变更为809路；819路支线（宏福苑小区翡翠城小区）路号变更为839路；846路支线（东潞苑小区定慧桥）变更为855路；901路（阜成路黄村火车站）变更为631路，901路快车（阜成路黄村火车站）变更为631路快车；905路（长丰园南站颐和园南门）变更为635路；908路（北京站东街黎各庄）变更为639路；908路支线（北京站东街半壁店）变更为640路；921路（大峪东湖）变更为645路，同时缩短为大峪民族园路；932路（小红庙金五星百货城）变更为650路；941路（恩济西街北苑家园）变更为653路；946路（城外诚建材城定慧桥）变更为654路；946路支线（八里河卫生院）变更为655路，同时调整为方庄南口鹿圈卫生院；953路（左家庄黎各庄）变更为659路；962路（黄村火车站白石桥）变更为660路；965路（五芳园西站黑石头村）变更为663路，同时调整为苹果园南小马厂。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2011年07月22日，第五客运分公司640路（北京站东顺义半壁店）缩短为北京站东岗山村南站。

2013年04月26日，第五客运分公司364路（小庄金盏）调整为双桥农场西站金盏，640路（北京站东岗山村南站）缩短为小庄路口北岗山村南站。

2022年05月11日，按照顺义区疫情防控工作要求，途经顺义区的第一客运分公司696路；第二客运分公司359路、640路；第五客运分公司924路；第七客运分公司834路、850路、855路、856路、915路、918路、945路、970路采取区间运营措施；第七客运分公司850路快车、915路快车、933路、935路、935路快车、942路、942路快车、H52路、H53路、H54路采取暂停运营措施。

2022年05月29日，按照疫情防控工作要求，前期受顺义区疫情管控影响的第一客运分公司696路；第二客运分公司359路、640路；第五客运分公司924路、第七客运分公司834路、850路、850路快车、855路、856路、915路、915路快车、918路、933路、935路、935路快车、942路、942路快车、945路、970路、S101路；第八客运分公司962路恢复全线正常运营。