2021年06月14日，浦东南汇周南线（南汇汽车站雪野二路世博大道）拆分为浦东98路（天雄路周祝公路雪野二路世博大道）、浦东99路（南汇汽车站天雄路周祝公路），两线均实行无人售票，单一票价2元。

2021年10月21日，浦东南汇浦东98路雪野二路世博大道终点站封站。终点站搬迁至长清北路枢纽站。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东南汇1035路、1036路、1040路、1041路、1062路、1065路、1072路、1079路、1082路、1086路、1087路、1088路、1089路、1092路、1093路、1095路、1101路、1121路、1128路、1132路、1137路、浦东8路、浦东53路、浦东57路、浦东59路、浦东71路、浦东87路、浦东93路、浦东98路、浦东99路、浦东102路、川沙5路、大团2路、惠南2路、惠南8路、惠南10路、老港1路、六灶2路、南园1路、新场1路、新场2路、新场3路、新场5路、宣桥1路、祝桥1路、祝桥3路、龙大专线恢复运营。

2023年06月01日，浦东南汇部分线路分公司调整：一分公司1038路、1082路、惠南10路、南南线划入二分公司，浦东98路划入六分公司；二分公司浦东30路、浦东31路、浦东79路划入一分公司，浦东70路划入五分公司；六分公司1070路、1137路、1138路、惠南2路、惠南3路、惠南4路、惠南6路、惠南8路、南园1路划入一分公司，浦东57路划入二分公司。