2009年11月01日，崇明大众（由巴士集团托管）新辟申崇一线、申崇二线、申崇二线区间、陈凤线。申崇线、沪崇专线同步停止运营。

2016年08月01日，申崇二线、申崇四线、申崇六线调整为由浦东金高、崇明巴士共同运营。

2020年05月11日，崇明巴士浦东金高申崇二线（上海科技馆地铁站陈家镇（长江大桥））缩线行驶，起讫站调整为巨峰路地铁站陈家镇（长江大桥）。

2020年12月10日，为配合巨峰路地铁站公交枢纽施工搬迁，浦东金高、崇明巴士合营线路申崇二线、申崇四线临时调整走向，巨峰路地铁站终点站临时调整至五洲大道地铁站。申崇二线区间、申崇四线区间同步暂停运营。施工期间浦东金高临时新辟申崇免费短驳线，起讫站为巨峰路地铁站五洲大道地铁站。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东金高、崇明巴士合营线路申崇二线、申崇六线、申崇六线B线暂停运营。（至2022年06月01日恢复）

2024年01月01日，浦东金高四分公司拆分：611路、794路、1006路、1010路、1016路、1017路、1027路、1100路、曹路2路、浦东4路、浦东10路、申崇二线、申崇四线、申崇六线、申崇六线B线、申崇短驳线、高东班车划入二分公司，790路、曹路1路、曹路3路、浦东26路、浦东27路、浦东32路、浦东49路、浦东67路划入三分公司。