2012年01月10日，崇明巴士凤潘线（同步更名为长兴3路）、凤圆线（同步更名为长兴2路）、长兴1路、横新线（同步更名为横沙3路）、横沙1路、横沙2路调整票价为单一2元。

2019年07月01日，崇明巴士长兴2路（马家港圆沙镇）调整走向，起讫站调整为马家港江南大道江堤路。

2020年08月30日，配合长兴岛汽车站（凤舞路18号）投入使用，崇明巴士长兴1路、长兴2路、长兴3路、长兴4路终点站由马家港调整至长兴岛汽车站。长南线、陈凤线、横长线、申崇五线终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。崇明巴士浦东金高合营线路申崇四线、申崇四线区间终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。

2022年03月22日，根据疫情防控要求，崇明巴士1731路、长兴1路、长兴2路、陈凤线、长南线、横长线暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。