2003年06月12日，崇明大众堡新线线路延伸并更名为南堡支线。

2022年03月20日，根据疫情防控要求，崇明巴士南堡专线（南门汽车站堡镇汽车站）临时缩线行驶，起讫站调整为南门汽车站竖新影剧院。南堡二线起讫站同步调整为南门汽车站竖新影剧院。南堡支线起讫站临时调整为南门汽车站牌楼头。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士城桥4路、南牛线、南跃线、南海线、南堡支线、南建专线、1712路、1713路、堡红线、堡四线、堡七线、堡陈专线、长兴1路、长兴3路、横沙3路、崇明东滩1路、崇明东滩3路恢复运营。