2007年09月16日，北京公交集团实施第六批优化公交线网方案，调整一批穿城长途线路，削减中途站位改为大站快车，同时变更路号。735路（郁金香花园南门海淀桥东）调整并更名为641路；710路（善各庄新纪元石材市场）调整并更名为677路；801路快车（四方桥西颐和园北宫门）调整并更名为683路；705路（朝新嘉园建欣苑）调整并更名为686路；822路（北京华侨城南站宝隆公寓小区）调整并更名为687路，同时调整为北京华侨城宝隆公寓小区；804路（姜庄湖花乡驾校）调整并更名为689路，同时缩短为花乡驾校惠新东桥西；726路（前门颐和园）调整并更名为690路；719路（韩庄子北北京轮胎厂）调整并更名为691路；744路（北京站东世界公园公交总站）调整并更名为692路；748路（育新小区晓月苑小区）调整并更名为693路；702路（嘉铭园宝隆公寓小区）调整并更名为694路；727路（北京西站清河营村）调整并更名为695路；737路（香山孙河乡政府）调整并更名为696路；716路（菜户营桥东颐和山庄）调整并更名为697路；733路（香山城南嘉园北）调整并更名为698路；811路（富丰桥西回龙观小区）调整并更名为699路；840路内环（黄土岗村黄土岗村）调整并更名为特9路内环；840路外环（十八里店村十八里店村）调整并更名为特9路外环，同时调整为黄土岗村黄土岗村。

2013年09月17日，因晓月苑小区场站搬迁，第三客运分公司693路（育新小区晓月苑小区）调整为育新小区晓月苑公交总站，715路（晓月苑小区四惠桥）调整为晓月苑公交总站四惠桥。

2014年06月26日，第三客运分公司693路（育新小区晓月苑公交总站）拆分为693路（育新小区阜永路口西）和97路（晓月苑公交总站航天桥西），693路同时划转至第四客运分公司运营。

2022年06月08日，按照疫情防控工作要求，前期受海淀区疫情封控影响的第一客运分公司307路、520路、专89路；第四客运分公司333路、355路、374路、375路、392路、393路、398路、446路、570路、575路、632路、688路、693路、专60路、专85路恢复全线运营；第一客运分公司371路恢复区间运营。