2020年12月31日，浦东南汇新辟浦东96路，起讫站为拱秀路城西路观海路拱晨路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东南汇1038路、1069路、1108路、1127路、1138路、1162路、浦东7路、浦东9路、浦东23路、浦东24路、浦东30路、浦东31路、浦东34路、浦东51路、浦东55路、浦东69路、浦东70路、浦东79路、浦东92路、浦东96路、浦东104路、惠南3路、惠南4路、航头4路、祝桥2路、沪南线恢复运营。

2024年03月01日，浦东南汇分公司线路归属重新划分：原一分、二分公司合并成立惠南分公司，原五分公司更名为川沙分公司，原六分公司更名为新场分公司。原一分公司806路、1062路、1070路、1137路、1138路、南园1路、大团2路、惠南2路、惠南3路、惠南4路、惠南6路、惠南8路、浦东105路划入新场分公司，原二分公司840路、浦东92路、南南线划入川沙分公司，原二分公司浦东57路、浦东96路划入新场分公司。