2015年09月22日，城东公交新辟99路（火车站广场始发站瑶溪枢纽站）。

2021年03月01日，城东公交99路（火车温州站公交枢纽龙华首末站）线路延伸，起讫站调整为S1惠民路首末站龙华首末站。

2022年11月03日，城东公交99路（S1惠民路首末站龙华首末站）临时调整走向，起讫站调整为S1惠民路首末站附二医龙湾院区首末站。

2024年03月15日，城东公交6路（江滨公园/帆影公园附二医龙湾院区首末站）调整走向，起讫站调整为江滨公园/帆影公园温医大口腔医院/东悦里西；36路（九山首末站附二医龙湾院区首末站）调整走向，起讫站调整为九山首末站温医大口腔医院/东悦里西；99路（S1惠民路首末站附二医龙湾院区首末站）大幅调整走向，起讫站调整为火车温州站公交枢纽温医大口腔医院/附二医龙湾院区南；138路（附二医龙湾院区首末站郑岙首末站）调整走向，起讫站调整为附二医龙湾院区南/温医大口腔医院郑岙首末站；139路（附二医龙湾院区首末站滨海公交枢纽）调整走向，起讫站调整为附二医龙湾院区南/温医大口腔医院滨海公交枢纽。

2024年05月01日，城东公交99路由第三生产运营中心转至龙湾生产运营中心营运。