2003年04月01日，由于长期缺乏专业管理，大部分车辆常年不按核定线路运营且无固定的发车时刻表，亚通客运牛堡线、南牛专线交由崇明大众统一承包管理。后两线均归并入复线的常规线路。亚通客运共计八台营运车辆分配至崇明大众其他线路继续运营，由崇明大众统筹调动。

2019年08月19日，配合北沿公路施工，道路全线中断，崇明巴士南江专线绕道行驶，堡胜专线全部班次均为堡镇汽车站前进农场区间。新辟堡胜专线短驳线（前进农场长江农场），沿途停靠堡进线、堡胜专线的全部站点，以方便原线乘客出行。（计划至2020年09月30日恢复）

2021年05月12日，配合花博园试运营及正式开幕，崇明巴士南同专线、堡胜专线全程车、崇明乡村10路延伸至花博园P1停车场；南江专线、南东专线改道行驶。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。