2016年12月31日，按照北京公交集团与房山区政府共同签署的《房山区域公交合作协议》，落实好房山区域公交整合、区域线网优化、公交多样化服务、环保公交车更新、公交场站建设等六大合作项目，北京凯捷风公交客运有限责任公司环1路、环2路、房11路、房12路、房13路、房13支线、房14路、房14口儿村、房14东港、房14磁家务、房15路、房16路、房17路、房18路、房18支1、房18支2、房19路、房20路、房21路、房22路、房23路、房24路、房25路、房25支线、房26路、房27路、房28路、房29路、房30路、房31路、房31支线、房32路、房33路、房33支线、房34路、房35路、房36路、房36支线、房37路、房38路、房39路、房40路、房41路、房42路、房42夜班、房43路、房45路、房46路、房47路、房48路、房49路、房49支线、房50路、房51路、房52路、房53路由北京八方达客运有限责任公司大兴分公司继续运营。

2021年06月15日，因房山客运站腾退，第六客运分公司F20路（房山客运站四马台北站）、F21路（房山客运站秋林铺）、F22路（房山客运站大安山矿）、F23路（房山客运站南窖）、F24路（房山客运站青土涧）、F25路（房山客运站堂上村北）、F77路（房山客运站东村村东）的首站由房山客运站调整至房山汽车站。

2022年05月12日，按照房山区疫情防控工作要求，途径房山区境内的第三客运分公司391路、964路；第六客运分公司912路采取区间运营措施；第六客运分公司616路、831路、832路、833路、837路、838路、839路、895路、896路、901路、901路快车、904路、906路、917路、917路快车、934路、951路、952路、956路、971路、993路、专93路、专94路、F11路、F12路、F13路、F14路、F16路、F17路、F18路、F19路、F20路、F21路、F22路、F23路、F24路、F25路、F28-F68路联运、F30路、F31路、F33路、F34路、F35路、F36路、F37路、F39路、F41路、F42路、F45路、F51路、F52路、F53路、F54路、F55路、F56路、F58路、F59路、F60路、F62路、F64路、F65路、F66路、F67路、F71路、F72路、F73路、F74路、F75路、F76路、F77路、F80路、F81路、F82路、F83路、F92路、通勤东湖港、通勤石花洞、通勤朱家坟、通勤向阳、快速直达专线32路、快速直达专线63路、快速直达专线86路、快速直达专线118路、快速直达专线119路、快速直达专线129路、快速直达专线130路、快速直达专线140路、快速直达专线151路、快速直达专线154路、快速直达专线176路、快速直达专线177路、快速直达专线187路、集体出行3线、三流水村专线、富合村专线、森水村专线；第八客运分公司948路采取暂停运营措施。

2022年06月06日，按照疫情防控工作要求，前期受房山区疫情封控影响的第六客运分公司F2路、F19路、F20路、F21路、F22路、F23路、F24路、F25路、F58路、F59路、F60路、F62路、F64路、F65路、F66路、F67路、F69路、F73路、F85路恢复全线运营；832路、836路、895路、896路、952路恢复区间运营。

2023年08月01日，因京昆路、涞宝路、军红路等山区路段受“7·31洪灾”影响冲毁，第六客运分公司F13路、F14路、F16路、F17路、F19路、F20路、F21路、F22路、F23路、F24路、F25路、F45路、F59路、F60路、F61路、F62路、F63路、F64路、F65路、F66路、F67路、F71路、F72路、F73路、F77路、通勤东湖港、通勤石花洞、通勤朱家坟；第八客运分公司948路暂停运营，恢复时间另行通知。

2024年01月31日，为优化房山区地面公交线网布局，结合道路通行条件和前期部分线路恢复试运行情况，利用辛庄检查站部分用地，作为108国道沿线公交线路中转换乘站，第六客运分公司833路（河北镇辛庄送变电路口西）调整为辛庄检查站送变电路口西；受“7·31洪灾”影响临时停运的F24路（房山汽车站青土涧）恢复运营并调整为辛庄检查站青土涧；前期采取临时区间运营的F21路、F22路、F23路、F77路起始站正式调整为辛庄检查站；F13路调整为红煤厂公交场站房山汽车站；F20路调整为辛庄检查站四马台北站；F25路调整为辛庄检查站堂上村北；同时第八客运分公司948路（地铁苹果园站大安山矿）恢复全线运营。

2025年03月26日，为进一步优化公交线路布局、提升公交服务质量、推动智慧交通建设，房山区交通局与第六客运分公司签署了新一轮《房山区域公交客运线路运营管理协议》，由第六客运分公司运营的F1路、F11路、F12路、F13路、F14路、F15路、F17路、F18路、F19路、F20路、F21路、F22路、F23路、F24路、F25路、F26路、F27路、F28路、F29路、F30路、F31路、F32路、F35路、F39路、F40路、F43路、F45路、F46路、F47路、F48路、F49路、F50路、F51路、F52路、F53路、F54路、F55路、F56路、F57路、F58路、F59路、F60路、F61路、F62路、F63路、F64路、F65路、F66路、F67路、F71路、F72路、F73路、F74路、F76路、F77路、F78路、F79路划归京西南客运有限公司运营。