2014年07月01日，崇明巴士新辟长南线。

2020年08月30日，配合长兴岛汽车站（凤舞路18号）投入使用，崇明巴士长兴1路、长兴2路、长兴3路、长兴4路终点站由马家港调整至长兴岛汽车站。长南线、陈凤线、横长线、申崇五线终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。崇明巴士浦东金高合营线路申崇四线、申崇四线区间终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。

2021年01月14日，崇明巴士长南线调整票价，由单一票价16元下调至13元。

2022年03月22日，根据疫情防控要求，崇明巴士1731路、长兴1路、长兴2路、陈凤线、长南线、横长线暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。