2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。

2013年07月26日，配合五彩城公交场站启用，方便橡树湾、五彩城购物中心等地区市民出行，第四客运分公司632路、633路、642路首站调整至五彩城公交场站。632路（清河小营桥西五路）延长为五彩城公交场站五路，633路（安宁庄东路南口杨坨）调整为五彩城公交场站杨坨，642路（安宁庄东路南口阳坊北站）调整为五彩城公交场站阳坊北站。

2016年12月31日，为强化地面公交线网与新开通的地铁16号线的有效接驳，第四客运分公司512路（梅所屯地铁安河桥北站）调整走向并缩短为梅所屯永丰公交场站；544路（环保科技园地铁西二旗站）调整为地铁西二旗站北安河公交场站；633路（杨坨颐和山庄）延长为杨坨百旺新城；642路（五彩城公交场站阳坊北站）拆分为642路（环保科技园阳坊北站）和446路（五彩城公交场站地铁永丰站）；专38路（永丰公交场站翠湖北路西）调整为东埠头村前沙涧村；新辟522路（东埠头村百旺新城）、专16路（海淀驾校地铁北安河站）。

2017年09月15日，第四客运分公司642路（环保科技园阳坊北站）延长为环保科技园土楼村。

2021年08月16日，为方便中关村创客小镇、水岸家园小区乘客的出行，第四客运分公司642路（环保科技园土楼村）调整为水岸家园南土楼村，专38路（东埠头村前沙涧村）调整为水岸家园南前沙涧村并更改路号为448路。

2022年05月23日，按照海淀区、昌平区疫情防控工作要求，途经海淀区、昌平区的第一客运分公司307路、315路、371路、520路、606路、614路、618路、681路、专89路、夜38路；第四客运分公司355路、393路、398路、495路、521路、543路、608路、642路、专29路、专139路采取暂停运营措施；第一客运分公司319路、367路、379路、432路、462路、478路、620路、636路；第八客运分公司932路、963路采取区间运营措施。

2022年06月07日，按照疫情防控工作要求，前期受海淀区、昌平区疫情封控影响的第一客运分公司315路、319路、367路、379路、432路、462路、478路、606路、614路、618路、620路、636路、681路、夜38路；第四客运分公司355路、393路、398路、495路、521路、543路、608路、609路、专29路、专139路；第八客运分公司932路、963路恢复全线运营。

2023年05月26日，为配合东埠头村公交场站腾退，同时增加黛石东路、索家园街等道路地面公交线网覆盖，方便紫郡兰园小区乘客出行，第四客运分公司642路（水岸家园南土楼村）调整为索家园街土楼村，448路（水岸家园南前沙涧村）调整为温泉北站前沙涧村；因调整后的448路已覆盖原专54路的路由，第四客运分公司专54路（温泉北站地铁稻香湖路站）停止运营。