2007年08月15日，为配合香港落马洲支线管制站及深圳福田口岸启用，九巴B1线投入服务，来往元朗铁路站落马洲铁路站。

2008年06月22日，九巴B1线由元朗铁路站延长至天水围铁路站，改为来往天水围铁路站落马洲铁路站。

2014年11月22日，为配合元朗区区域性巴士路线重组实施，九巴B1线由天水围迁往天慈，改为来往天慈落马洲站；九巴276P线由天慈迁往天水围，来往天水围站上水。

2020年02月04日，因应新型冠状病毒疫情，落马洲管制站的旅客检查服务关闭，皇巴士落马洲-皇岗过境穿梭巴士以及九巴B1线同步暂停服务。

2023年01月08日，因应政府重开落马洲支线管制站，九巴恢复B1线以方便天水围及元朗一带的乘客经落马洲支线管制站（福田口岸）往返内地。