2007年10月28日，公交总公司新辟163路，起讫站为百水芊城新街口东，全程票价1元，IC卡通用。

2009年08月01日，公交总公司141路、142路、163路起讫站由“百水芊城”延伸至南湾营。

2013年03月30日，江南公交5路（柳营莫愁新寓）调整走向，起讫站调整为南湾营长江路·估衣廊；9路（宁工新寓中山陵停车场）调整走向，起讫站调整为钟灵街宁工新寓；29路（杨庄五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为杨庄莫愁新寓；34路（中山码头石门坎（五洲家居装饰广场））调整走向，起讫站调整为中山码头中山陵停车场并命名为“博爱线”；141路（南湾营南京车站）调整走向，起讫站调整为西花岗南京车站；163路（南湾营长江路）调整走向，起讫站调整为西花岗钟山学院；新辟D9路，起讫站为板桥新城（莲花湖公园）莫愁新寓。

2013年11月17日，江南公交163路（西花岗钟山学院）线路延伸，起讫站调整为西花岗钟灵街。

2014年07月01日，江南公交163路（西花岗钟灵街）调整走向，起讫站调整为西花岗钟山学院。

2020年12月12日，为方便市民出行，南京公交163路（西花岗钟山学院）线路延伸，起讫站调整为聚福路北钟山学院。

2021年11月01日，因地铁2号线马群站临时封闭施工，南京公交5路高峰巴士、55路高峰巴士、163路、179路高峰巴士线路西端首末站临时延伸至钟灵街；314路临时延伸至金马路地铁站【至2021年12月11日恢复】。临时开行B7路接驳线（马群钟灵街）、B8路接驳线（马高路金马路地铁站）。