2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。

2007年07月19日，第七客运分公司657路（东湖岳各庄桥北）缩短为东湖丰北桥。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2013年06月26日，为提高运营服务质量，解决线路过长的问题，第八客运分公司753路（马连店郎辛庄）缩短为马连店慧忠里；为替代原753路南段走向，657路（东湖丰北桥）拆分为657路（东湖郎辛庄）和602路（老君堂丰北桥）。

2022年05月04日，按照朝阳区疫情防控工作要求，朝阳区朝阳路以南（不含朝阳路）的第一客运分公司439路；第二客运分公司11路、28路、29路、31路、98路、138路、348路、363路、382路、397路、455路、457路、475路、513路、532路、535路、561路、637路、638路、临6路、夜19路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司93路、352路、378路；第五客运分公司865路、985路、990路、995路；第九客运分公司定制公交003XX、定制公交004XX、定制公交008XX、定制公交014XX、定制公交015XX、定制公交016XX、定制公交017XX、定制公交020XX、定制公交046XX、定制公交047XX、定制公交056XX、定制公交057XX、定制公交060XX、定制公交066XX、定制公交069XX、定制公交070XX、定制公交075XX、定制公交076XX、定制公交079XX、定制公交083XX、定制公交085XX、定制公交096XX、定制公交099XX、定制公交100XX、定制公交101XX、定制公交105XX、定制公交114XX、定制公交129XX、定制公交134XX、定制公交135XX、定制公交166XX、定制公交176XX、定制公交177XX、定制公交182XX、定制公交195XX、定制公交201XX、定制公交202XX、定制公交203XX、定制公交204XX、定制公交210XX、定制公交211XX、定制公交216XX、定制公交272XX、定制公交280XX、定制公交286XX、定制公交322XX、定制公交331XX、定制公交388XX、定制公交398XX、巡游定制公交[小红门]、巡游定制公交[望京]；电车客运分公司36路采取暂停运营措施；第一客运分公司657路；第二客运分公司8路、23路、34路、35路、41路、53路、58路、63路、126路、312路、322路、364路、388路、402路、403路、405路、411路、440路、451路、468路、486路、488路、496路、506路、517路、553路、605路、615路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、671路、690路、夜25路、夜27路、夜29路、专141路；第三客运分公司54路、72路、602路、680路、夜7路、夜23路、专161路、专162路；第四客运分公司1路、52路、57路、夜1路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、818路、846路、975路、976路、986路；第六客运分公司848路；第七客运分公司973路、988路、989路；电车客运分公司25路、71路、113路、128路采取区间运营措施。

2022年05月29日，按照疫情防控工作要求，前期受朝阳区疫情管控影响的途经朝阳区南部（朝阳路以南区域）的第一客运分公司439路、657路；第二客运分公司8路、11路、23路、28路、29路、31路、34路、35路、41路、58路、63路、98路、126路、138路、312路、322路、348路、363路、364路、382路、388路、397路、402路、403路、405路、411路、439路、451路、455路、457路、468路、475路、486路、488路、496路、506路、517路、532路、535路、553路、605路、615路、637路、638路、639路、647路、650路、666路、667路、668路、669路、690路、临6路、夜19路、夜25路、夜27路、夜29路、专10路、专36路、专71路、专72路、专87路、专113路、专141路、专165路、专166路、专167路、专170路、专171路、专204路、专211路、专217路；第三客运分公司378路、专19路、680路；第五客运分公司804路、806路、807路、808路、809路、846路、865路、975路、976路、995路、985路；第六客运分公司848路；第七客运分公司988路、989路；电车客运分公司36路、113路恢复全线正常运营。